Decyzję o założeniu Banku Polska Kasa Opieki S.A. podjęło Ministerstwo Skarbu dnia 17 marca 1929 roku. Założycielami Banku byli: Pocztowa Kasa Oszczędności, Bank Gospodarstwa Krajowego i Państwowy Bank Rolny. Pierwszym Prezesem Rady Nadzorczej Banku był pomysłodawca powołania Banku, Prezes Pocztowej Kasy Oszczędności – Henryk Gruber.
W dniu 29 października 1929 roku Bank został wpisany do rejestru handlowego, pod nazwą Bank Polska Kasa Opieki S.A. Kapitał akcyjny Banku wynosił 2.500.000 złotych i podzielony był na 500 akcji o nominalnej wartości 5.000 złotych każda. Jedynym akcjonariuszem była Pocztowa Kasa Oszczędności.
W 1937 roku kapitał akcyjny podwyższono do kwoty 5.000.000 złotych i wszystkie akcje nowej emisji przejęła Pocztowa Kasa Oszczędności.
Bank został powołany do życia przede wszystkim w celu finansowej obsługi Polonii, której liczebność w okresie międzywojennym określano na około 8 milionów ludzi. Chodziło przede wszystkim o gromadzenie oszczędności polskich emigrantów oraz o pośredniczenie w przekazywaniu pieniędzy do ich rodzin w kraju.
Pierwszy oddział Banku powstał w Paryżu i rozpoczął on swoją działalność 3 lutego 1930 roku, zdobywając w krótkim czasie dużą popularność i zaufanie środowisk emigracyjnych.
W ciągu pierwszych 10 lat istnienia Bank zorganizował placówki w czterech krajach, które łącznie dysponowały 25 oddziałami i agencjami. Tworzenie i funkcjonowanie oddziałów zagranicznych miało zasadnicze znaczenie dla wykonywania zadań Banku, gdyż tylko one mogły zapewnić obsługę emigrantów. Stanowiły też warunek konieczny włączenia Banku do obsługi obrotów polskiego handlu zagranicznego.
W 1930 roku Rada Banku podjęła decyzję o utworzeniu oddziału w Argentynie, ze względu na przeszkody natury formalnej utworzono odrębną formalnie spółkę akcyjną pod nazwą Banco Polaca Polska Kasa Opieki.
Kolejny oddział Banku został otwarty 15 maja 1933 roku w Izraelu (Tel-Awiw), a w 1938 roku w Stanach Zjednoczonych (Nowy Jork).
Wybuch II wojny światowej spowodował ustanie działalności centrali Banku w Warszawie i zerwanie kontaktów z oddziałami. Pod koniec września 1939 roku utworzono wojenną centralę Banku w Paryżu, której głównym zadaniem było zabezpieczenie środków Banku znajdujących się w zagranicznych instytucjach finansowych. Po klęsce Francji centrala została przeniesiona do Londynu. Głównym efektem działalności tej placówki było przejęcie przez nią wszystkich zagranicznych rachunków Banku. Równolegle z Centralą działającą na emigracji, istniała w formie również centrala warszawska. Podobnie jak inne polskie banki, otrzymała ona powiernika oraz niemiecki zarząd powierniczy, jednak jej działalność ograniczała się do konserwacji i administracji pozostałego w kraju mienia Banku.
W wyniku reformy systemu bankowego, która została wprowadzona w życie dekretem z 25 października 1948 roku, obsługę obrotów z krajami kapitalistycznymi powierzono Bankowi Handlowemu w Warszawie, w związku z tym sfera działalności Banku Pekao S.A. uległa ograniczeniu do pośredniczenia w przekazywaniu pieniędzy od emigrantów dla ich rodzin w kraju oraz organizacji przesyłek z darami dla mieszkańców Polski.
W 1948 roku za pomocą emisji nowych akcji o łącznej wartości 45.000.000 złotych, które w całości zostały przejęte przez Pocztową Kasę Oszczędności, kapitał akcyjny Banku został podwyższony do kwoty 50.000.000 złotych. W 1950 roku prawną następczynią Pocztowej Kasy Oszczędności stała się Powszechna Kasa Oszczędności. Po zmianie systemu pieniężnego w 1950 roku kapitał akcyjny wynosił 1.500.000 złotych.
W 1967 roku pakiet akcji wartości 150.000 PLZ przejął Skarb Państwa reprezentowany przez Ministra Finansów. W 1969 roku przeprowadzoną konwersję starych akcji oraz podwyższono kapitał akcyjny do kwoty 50.000.000 PLZ. Kapitał podzielono na 5.000 sztuk akcji po 10.000 PLZ każda akcja. Skarb Państwa przejął 4.865 sztuk akcji, Powszechna Kasa Oszczędności 135 sztuk.
W 1976 roku kapitał akcyjny Banku podwyższono do kwoty 1 mld PLZ i podzielono na 50.000 sztuk po 20.000 PLZ każda. Skarb Państwa posiadał 48.650 sztuk akcji, Narodowy Bank Polski (który wchłonął Powszechną Kasę Oszczędności) 1.350 sztuk akcji.
Na początku lat 70. rozwój eksportu wewnętrznego, rozbudowa sieci sklepów i rozszerzenie asortymentu oferowanych klientom towarów powodowały, że operacje bankowe były w coraz większej mierze zdominowane przez operacje handlowe. Bank oprócz instytucji finansowej o zróżnicowanym zakresie działalności, stał się wielkim przedsiębiorstwem handlowym. W związku z tym w latach 1972-73 przeprowadzono reorganizację działalności Banku, w wyniku której wydzielono z Banku operacje handlowe i powierzono je wyspecjalizowanym przedsiębiorstwom.
W 1980 roku kapitał akcyjny podwyższono do kwoty 2 mld PLZ poprzez wyemitowanie 50.000 sztuk akcji nowej emisji, w całości przejętych przez Skarb Państwa, który od tego momentu posiadał 98.650 sztuk akcji.
W związku z wyodrębnieniem ze struktur Narodowego Banku Polskiego, Powszechnej Kasy Oszczędności i przekształceniem jej w Powszechną Kasę Oszczędności Bank Państwowy, NBP przekazał PKO BP, w dwóch transzach posiadane akcje Banku Pekao S.A.
W latach 80. Bank znacznie rozszerzył zakres swych zadań, a także ilość operacji. Rosła liczba obsługiwanych podmiotów gospodarczych, głównie tak zwanych przedsiębiorstw eksportu wewnętrznego i firm polonijnych, zwiększyły się sumy udzielanych im kredytów, rozwijały rozliczenia transakcji handlu zagranicznego. Rozpoczęto dokonywanie operacji na rynkach pieniężno – walutowych na własny rachunek.
W okres dynamicznych przemian politycznych i gospodarczych, Bank Pekao S.A. wkroczył z dużym doświadczeniem, zarówno w operacjach krajowych, jak i zagranicznych, oraz z zamiarem przekształcenia się w bank uniwersalny, to jest pełniący funkcję banku oszczędnościowego, komercyjnego i inwestycyjnego.
W 1990 roku Bank opracował i przyjął nową strategię rozwoju. Wprowadzono marketingową koncepcję kierowania zorientowaną na potrzeby klienta. W wyniku przemodelowania struktury organizacyjnej Banku powstały trzy piony: obsługi klienta indywidualnego, obsługi podmiotów gospodarczych oraz pion inwestycyjny. Bank zaangażował się również między innymi w obsługę i finansowanie dużych przedsiębiorstw, finansowanie handlu zagranicznego, obsługę kart płatniczych, zarządzanie funduszami powierniczymi, doradztwo i pośrednictwo finansowe oraz bankowość hipoteczną, świadczenie usług powierniczych.
W dniu 16 września 1996 roku została zawarta Umowa o zawiązaniu Grupy Pekao S.A. i wszystkie akcje Banków Zależnych (Banki Zależne zostały utworzone 1 lutego 1989 roku poprzez wyłonienie banków państwowych ze struktur Narodowego Banku Polskiego i przekształcone w jednoosobowe spółki Skarbu Państwa) zostały wniesione do Banku Pekao S.A. Miała ona na celu zwiększenie możliwości rozwojowych jej członków poprzez podniesienie jakości i rozszerzenie zakresu usług świadczonych klientom oraz zwiększenie bezpieczeństwa jej członków poprzez wzajemne gwarantowanie płynności płatniczej.
W dniu 25 listopada 1996 roku zarejestrowano podwyższenie kapitału akcyjnego Banku o kwotę 97.650.000 PLN. Wszystkie akcje wyemitowane na podwyższenie kapitału akcyjnego zostały objęte przez Skarb Państwa i opłacone wkładem niepieniężnym w postaci akcji Banku Depozytowo – Kredytowego S.A. w Lublinie, Pomorskiego Banku Kredytowego S.A. w Szczecinie oraz Powszechnego Banku Gospodarczego w Łodzi.
W I kwartale 1998 roku Zarząd Banku dokonał przeglądu struktur organizacyjnych i strategii Grupy Pekao S.A. po czym przyjął plan jej głębokiej reorganizacji i nową strategię rozwoju. Filarami tej strategii jest pełna prywatyzacja Banku Pekao S.A. oraz szybkie połączenie banków Grupy.
W ramach realizacji nowej strategii w dniu 24 kwietnia 1998 roku Nadzwyczajne Walne Zgromadzenie Akcjonariuszy podjęło uchwałę w sprawie zatwierdzenia połączenia czterech banków Grupy Pekao S.A. w jeden, największy w Polsce bank uniwersalny.
14 maja 1998 roku Komisja Papierów Wartościowych i Giełd dopuściła do publicznego obrotu akcje Banku Pekao S.A. – Grupa Pekao S.A. Decyzja ta rozpoczęła proces prywatyzacji Banku. W wyniku przeprowadzonej w dniach od 15 do 19 czerwca oferty publicznej, 20 czerwca dokonano sprzedaży 15 proc. akcji Banku Pekao S.A. Oferta cieszyła się ogromnym powodzeniem, którego efektem była wysoka nadsubskrybcja (88,2% w transzy dla małych inwestorów i 95,4% w transzy dla dużych inwestorów). W dniu 30 czerwca 1998 roku akcje Banku Pekao S.A. były po raz pierwszy notowane na Warszawskiej Giełdzie Papierów Wartościowych. Zgodnie z wymogami polskiego prawa rozpoczęto również procedurę przekazania 15 proc. akcji pracownikom Grupy Pekao S.A.
W dniu 19 czerwca 1998 roku podniesiono kapitał akcyjny Banku poprzez emisję 7.690.000 nowych akcji i w dniu 29 czerwca podpisano umowę z Europejskim Bankiem Odbudowy i Rozwoju, w ramach której EBOiR zobowiązał się kupić wszystkie wyemitowane akcje.
W 1991 roku utworzono Centralne Biuro Maklerskie, a w 1996 roku Kasę Mieszkaniową.
W październiku 1998 roku w Banku uruchomiono pierwszy w Europie Środkowej Oddział Elektroniczny.
W dniu 1 stycznia 1999 roku rozpoczął działalność nowy Bank Pekao S.A. powstały z połączenia czterech banków Grupy Pekao S.A. Obecnie Bank dysponuje siecią ponad 700 placówek na terenie całego kraju, prowadzi również działalność za granicą poprzez swoje oddziały, spółki zależne oraz przedstawicielstwa.
W dniu 23 czerwca 1999 roku w siedzibie Ministerstwa Skarbu Państwa została zawarta umowa warunkowa sprzedaży pakietu 75.707.500 akcji Banku Pekao SA na rzecz konsorcjum UniCredito Italiano SpA i Allianz Aktiengesellschaft. Akcje będące przedmiotem umowy, stanowią 52,09% kapitału akcyjnego Banku Pekao SA.
W dniu 3 sierpnia 1999 roku została zrealizowana transakcja sprzedaży akcji Banku Pekao SA poza rynkiem regulowanym, na rzecz konsorcjum UniCredito Italiano SpA i Allianz Aktiengesellschaft.